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##INFO=<ID=MLEAC,Number=A,Type=Integer,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele counts (not necessarily the same as the AC), for each ALT allele, in the same order as listed">
##INFO=<ID=MLEAF,Number=A,Type=Float,Description="Maximum likelihood expectation (MLE) for the allele frequency (not necessarily the same as the AF), for each ALT allele, in the same order as listed">
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##INFO=<ID=MQ0,Number=1,Type=Integer,Description="Total Mapping Quality Zero Reads">
##INFO=<ID=MQRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score From Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read mapping qualities">
##INFO=<ID=QD,Number=1,Type=Float,Description="Variant Confidence/Quality by Depth">
##INFO=<ID=RPA,Number=.,Type=Integer,Description="Number of times tandem repeat unit is repeated, for each allele (including reference)">
##INFO=<ID=RU,Number=1,Type=String,Description="Tandem repeat unit (bases)">
##INFO=<ID=ReadPosRankSum,Number=1,Type=Float,Description="Z-score from Wilcoxon rank sum test of Alt vs. Ref read position bias">
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Chr01	2952356	.	C	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:72,0,31
Chr01	2958432	.	C	T	84.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.19;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:27:113,0,27
Chr01	2997329	.	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:71,0,33
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Chr01	3284676	.	T	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.00;MQ0=0;QD=23.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:97,9,0
Chr01	3284700	.	A	C	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.00;MQ0=0;QD=23.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:97,9,0
Chr01	3284702	.	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.00;MQ0=0;QD=23.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:97,9,0
Chr01	3291114	.	C	T	21.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.572;QD=2.72;ReadPosRankSum=1.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:50:50,0,218
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Chr01	3291141	.	C	G	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=5.13;ReadPosRankSum=1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:59:59,0,149
Chr01	3307101	.	T	G	56.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
Chr01	3311454	.	T	C	54.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
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Chr01	3624489	.	T	A	51.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
Chr01	3624514	.	A	C	49.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
Chr01	3647006	.	T	C	29.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=27.61;MQ0=0;QD=14.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:57,6,0
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Chr01	5161574	.	C	T	53.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
Chr01	5161628	.	G	T	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.56;MQ0=0;QD=17.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:62,6,0
Chr01	5171454	.	A	G	56.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
Chr01	5181086	.	T	C	99.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:127,9,0
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Chr01	6883664	.	C	T	35.79	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:24:64,0,24
Chr01	6942711	.	T	A	126.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:154,12,0
Chr01	6955087	.	G	T	127.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.991;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9997;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=3.36;ReadPosRankSum=-4.104	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,7:38:99:156,0,1156
Chr01	7178800	.	G	A	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.72;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:27:52,0,27
Chr01	7178810	.	C	A	23.85	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=28.72;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:18:52,0,18
Chr01	7178853	.	G	A	69.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=28.72;MQ0=0;QD=23.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:97,9,0
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Chr01	11946182	.	A	T	50.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
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Chr01	13756784	.	C	T	21.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.00;MQ0=0;QD=10.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:49,6,0
Chr01	13756808	.	T	C	21.77	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=20.00;MQ0=0;QD=10.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:49,6,0
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Chr01	16202196	.	A	G	47.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.58;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
Chr01	16267331	.	G	A	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DP=98;Dels=0.00;FS=3.011;HaplotypeScore=15.0814;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.21;MQ0=0;MQRankSum=-5.278;QD=0.23;ReadPosRankSum=3.748	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:87,11:98:51:51,0,2958
Chr01	16354641	.	A	C	80.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:108,9,0
Chr01	16514246	.	G	T	153.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.555;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=5.49;ReadPosRankSum=-3.926	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,7:28:99:182,0,772
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Chr01	19154920	.	G	A	70.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.517;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.920	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,3:8:99:99,0,184
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Chr01	19314804	.	T	C	37.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=12.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:65,9,0
Chr01	19314810	.	A	G	37.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=17.00;MQ0=0;QD=12.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:65,9,0
Chr01	19350147	.	C	A	45.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
Chr01	19461798	.	C	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.019;DP=66;Dels=0.00;FS=14.364;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.854;QD=0.48;ReadPosRankSum=-4.311	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:59,7:66:60:60,0,2204
Chr01	19707557	.	G	A	29.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.00;MQ0=0;QD=14.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:57,6,0
Chr01	20071831	.	C	A	81.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.113;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=29.41;MQ0=0;MQRankSum=2.451;QD=6.25;ReadPosRankSum=-2.620	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:10,3:13:9:109,9,0
Chr01	20072905	.	A	G	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:66:72,0,66
Chr01	20168334	.	C	A	49.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
Chr01	20565727	.	T	A	50.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.034;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.664;QD=4.23;ReadPosRankSum=-2.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,3:12:79:79,0,327
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Chr01	24083250	.	T	C	179.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.06;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
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Chr01	24208968	.	G	A	32.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=2.2426;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=17.23;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=3.64;ReadPosRankSum=1.652	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:40:61,0,40
Chr01	24313578	.	G	A	112.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=22.56;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:141,0,27
Chr01	24389795	.	C	T	24.76	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=13.30;MQ0=3;MQRankSum=1.495;QD=2.48;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:5,5:10:6:52,6,0
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Chr01	24389810	.	C	T	24.76	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=11.24;MQ0=7;MQRankSum=1.495;QD=1.77;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:5,9:14:6:52,6,0
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Chr01	25790343	.	T	C	20.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=38.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.026;QD=5.20;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:49:49,0,60
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Chr01	27591033	.	C	A	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
Chr01	27690496	.	G	T	54.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.531;QD=4.98;ReadPosRankSum=-2.262	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:83:83,0,284
Chr01	27798048	.	A	T	87.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
Chr01	27845193	.	G	T	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=3.97;ReadPosRankSum=-1.495	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:56:56,0,176
Chr01	27846561	.	T	G	161.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.38	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:190,15,0
Chr01	27850043	.	C	A	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
Chr01	27861515	.	C	T	31.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=25.00;MQ0=0;QD=15.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:59,6,0
Chr01	27869088	.	T	C	34.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=26.50;MQ0=0;QD=17.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:62,6,0
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Chr01	30389470	.	T	C	58.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=24.00;MQ0=0;QD=19.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:86,9,0
Chr01	30539346	.	C	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.075;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=14.18;MQ0=2;MQRankSum=3.903;QD=1.04;ReadPosRankSum=-4.288	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,7:63:74:94,0,74
Chr01	30600662	.	G	A	43.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=21.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:71,6,0
Chr01	30603936	.	C	A	69.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=9.97;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:7:98:98,0,106
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Chr01	36008390	.	G	T	116.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.021;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.674;QD=7.78;ReadPosRankSum=-3.123	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,5:15:99:145,0,352
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Chr01	36445626	.	C	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:59:59,0,108
Chr01	36447785	.	C	A	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.406;QD=11.29;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:96:96,0,104
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Chr01	40380385	.	G	A	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
Chr01	40380386	.	C	T	41.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=30.00;MQ0=0;QD=20.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:69,6,0
Chr01	40414601	.	C	A	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
Chr01	40447334	.	G	T	21.80	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.328;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.046;QD=0.95;ReadPosRankSum=-2.784	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,3:23:50:50,0,711
Chr01	40447431	.	C	A	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;DP=21;Dels=0.00;FS=13.835;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.251;QD=1.18;ReadPosRankSum=-2.764	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,3:21:53:53,0,687
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Chr01	42345183	.	A	T	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
Chr01	42353549	.	A	T	126.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.51	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:154,12,0
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Chr01	42561691	.	C	A	26.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.164;QD=1.34;ReadPosRankSum=-2.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:55:55,0,632
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Chr01	44633304	.	A	T	86.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
Chr01	44744732	.	C	A	43.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.283;DP=79;Dels=0.00;FS=21.434;HaplotypeScore=0.9998;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.284;QD=0.55;ReadPosRankSum=-4.623	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:71,8:79:72:72,0,2539
Chr01	44784443	.	A	T	24.78	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.762;QD=2.75;ReadPosRankSum=-1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:53:53,0,255
Chr01	44799437	.	T	C	86.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:114,9,0
Chr01	44816383	.	G	T	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
Chr01	44850785	.	G	T	169.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.717;QD=15.43;ReadPosRankSum=-2.637	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,6:11:99:198,0,172
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Chr01	47290223	.	C	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.966;DP=33;Dels=0.00;FS=18.612;HaplotypeScore=0.9996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.852;QD=0.90;ReadPosRankSum=-3.048	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,4:33:58:58,0,1030
Chr01	47290723	.	C	A	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.8667;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=1.39;ReadPosRankSum=-2.752	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:56:56,0,616
Chr01	47375899	.	C	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:65,0,31
Chr01	47410829	.	G	T	125.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9995;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.991;QD=9.67;ReadPosRankSum=-2.927	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:154,0,273
Chr01	47411915	.	C	A	105.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.140;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.225;QD=2.58;ReadPosRankSum=-4.140	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,7:41:99:134,0,1274
Chr01	47427683	.	A	T	50.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
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Chr01	48913226	.	C	T	56.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
Chr01	48955789	.	G	T	23.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.546;QD=0.88;ReadPosRankSum=-1.546	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,6:27:52:52,0,647
Chr01	48955793	.	G	C	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.4679;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.520;QD=1.76;ReadPosRankSum=-0.983	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,7:26:74:74,0,653
Chr01	48956007	.	G	T	59.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=0.813;QD=1.27;ReadPosRankSum=3.714	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,6:47:88:88,0,1512
Chr01	48966798	.	A	G	82.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:110,9,0
Chr01	48966954	.	T	A	85.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:113,9,0
Chr01	48975336	.	A	T	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.179;QD=3.09;ReadPosRankSum=-0.067	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:56:56,0,267
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Chr01	49700879	.	C	A	92.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.447;QD=9.28;ReadPosRankSum=-2.383	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:99:121,0,208
Chr01	49716530	.	A	G	50.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.50;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
Chr01	49722640	.	C	T	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=22;Dels=0.00;FS=5.855;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.244;QD=1.44;ReadPosRankSum=1.148	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,3:22:60:60,0,700
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Chr01	50279822	.	C	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:65:65,0,69
Chr01	50287877	.	G	T	74.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:29:103,0,29
Chr01	50287973	.	C	A	122.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.545;QD=9.44;ReadPosRankSum=-2.927	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,5:13:99:151,0,289
Chr01	50290545	.	A	G	51.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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Chr01	50572366	.	G	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.13;ReadPosRankSum=0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:65:65,0,149
Chr01	50572367	.	G	C	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.720;QD=6.29;ReadPosRankSum=-1.380	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,151
Chr01	50572667	.	T	A	31.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=7.94;ReadPosRankSum=1.026	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:60:60,0,62
Chr01	50574209	.	C	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:30:65,0,30
Chr01	50576670	.	G	A	53.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
Chr01	50583209	.	T	C	47.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
Chr01	50616048	.	A	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:31:68,0,31
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Chr01	50857003	.	G	A	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.280;DP=28;Dels=0.00;FS=2.218;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.492;QD=1.88;ReadPosRankSum=-0.886	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,4:28:81:81,0,873
Chr01	50860950	.	G	A	95.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=1.620;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.077	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:124,0,331
Chr01	50860954	.	A	T	96.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.386;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.53;MQ0=0;MQRankSum=2.237;QD=7.44;ReadPosRankSum=-1.003	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,4:13:99:125,0,334
Chr01	50864297	.	A	C	97.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
Chr01	50880811	.	C	A	49.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:77,6,0
Chr01	50888357	.	T	C	211.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.58	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,6:6:18:240,18,0
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Chr01	51384689	.	T	C	97.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
Chr01	51394336	.	A	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9665;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.303;QD=2.54;ReadPosRankSum=0.474	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,3:18:74:74,0,525
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Chr01	51528053	.	C	A	55.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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Chr01	51777943	.	T	C	98.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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Chr01	51952141	.	C	T	53.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
Chr01	51952147	.	C	T	52.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
Chr01	51960937	.	C	T	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
Chr01	51961440	.	G	T	38.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.361;QD=2.58;ReadPosRankSum=-2.670	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,3:15:67:67,0,434
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Chr02	592482	.	C	T	55.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.875;DP=36;Dels=0.00;FS=5.204;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.189;QD=1.55;ReadPosRankSum=-3.156	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,5:36:84:84,0,1114
Chr02	607236	.	C	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.579;DP=35;Dels=0.00;FS=2.530;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=1.62;ReadPosRankSum=-3.465	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,5:35:85:85,0,1068
Chr02	705365	.	G	T	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.421;QD=10.97;ReadPosRankSum=-2.017	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,4:8:99:116,0,141
Chr02	800477	.	G	A	55.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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Chr02	1251261	.	A	C	159.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:188,15,0
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Chr02	1422738	.	G	T	119.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.129;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.392;QD=2.99;ReadPosRankSum=-4.129	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,7:40:99:148,0,1236
Chr02	1442727	.	T	C	154.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=25.80;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,5:6:24:183,0,24
Chr02	1448858	.	G	A	179.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.42	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:208,15,0
Chr02	1448859	.	G	A	174.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:203,15,0
Chr02	1448882	.	G	A	154.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=30.98	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:183,15,0
Chr02	1458425	.	T	A	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.358;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:62:62,0,101
Chr02	1477235	.	G	A	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
Chr02	1479446	.	C	G	45.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
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Chr02	1763207	.	G	A	255.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.35	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:284,21,0
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Chr02	1819132	.	A	G	54.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:82,6,0
Chr02	1838020	.	C	A	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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Chr02	3006012	.	G	T	22.79	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.067;QD=2.85;ReadPosRankSum=-1.589	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,2:8:51:51,0,218
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Chr02	3266305	.	G	A	56.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
Chr02	3266370	.	A	G	88.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
Chr02	3269155	.	C	T	51.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
Chr02	3269159	.	T	A	52.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
Chr02	3289957	.	T	G	46.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
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Chr02	3975587	.	T	A	128.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:156,12,0
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Chr02	4848369	.	C	T	56.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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Chr02	5654141	.	C	T	87.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=34.67;MQ0=0;QD=29.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:115,9,0
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Chr02	5712327	.	T	C	97.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:125,9,0
Chr02	5712339	.	T	C	96.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:124,9,0
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Chr02	11994001	.	C	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DP=26;Dels=0.00;FS=8.129;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=-3.162;QD=2.03;ReadPosRankSum=-0.036	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,4:26:81:81,0,813
Chr02	11994012	.	G	C	51.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DP=27;Dels=0.00;FS=5.541;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQ0=0;MQRankSum=-3.174;QD=1.92;ReadPosRankSum=-1.604	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,4:27:80:80,0,866
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Chr02	16832825	.	C	G	56.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
Chr02	16834529	.	G	A	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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Chr02	16884200	.	T	C	53.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=44.50;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
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Chr02	18178053	.	A	T	23.76	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=21.21;MQ0=0;QD=11.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:51,6,0
Chr02	18236837	.	G	A	148.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.78	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:177,15,0
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Chr02	21086327	.	A	T	52.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.16;MQ0=0;MQRankSum=-2.219;QD=5.86;ReadPosRankSum=0.361	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,4:9:81:81,0,170
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Chr02	21239879	.	T	G	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
Chr02	21239891	.	T	G	25.75	LowQual	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=22.00;MQ0=0;QD=12.88	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:53,6,0
Chr02	21252711	.	T	C	242.80	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=34.69	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,7:7:21:271,21,0
Chr02	21267714	.	T	C	91.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=37.35;MQ0=0;QD=30.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:119,9,0
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Chr02	26025945	.	G	A	29.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:58,0,32
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Chr02	26658866	.	T	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.7887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.113;QD=1.90;ReadPosRankSum=1.659	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,8:33:91:91,0,382
Chr02	26658883	.	T	A	62.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.273;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=15.5662;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=19.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.281;QD=1.90;ReadPosRankSum=0.777	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,8:33:91:91,0,382
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Chr02	29148435	.	A	T	27.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=1.7306;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=39.24;MQ0=0;MQRankSum=-2.054;QD=3.09;ReadPosRankSum=0.248	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,3:9:56:56,0,207
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Chr02	29150830	.	A	C	56.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:84,6,0
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Chr02	30218976	.	C	A	88.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
Chr02	30226019	.	G	T	33.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=17;Dels=0.00;FS=2.667;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.567;QD=1.99;ReadPosRankSum=-1.701	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,3:17:62:62,0,486
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Chr02	30265686	.	T	A	181.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.01	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,5:5:15:210,15,0
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Chr02	34033915	.	C	A	50.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:78,6,0
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Chr02	34089334	.	G	C	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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Chr02	34547207	.	C	T	55.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
Chr02	34582592	.	G	C	85.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=21.44;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:30:114,0,30
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Chr02	34600872	.	G	C	79.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.727	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,3:4:28:108,0,28
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Chr02	34602058	.	T	A	55.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=27.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:83,6,0
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Chr02	36012184	.	T	C	93.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:121,9,0
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Chr02	36601794	.	G	A	63.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.988;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.406	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:89:92,0,89
Chr02	36614071	.	C	A	36.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.212;DP=20;Dels=0.00;FS=5.254;HaplotypeScore=0.8321;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.741;QD=1.84;ReadPosRankSum=-0.635	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,3:20:65:65,0,600
Chr02	36628321	.	T	C	133.03	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=33.26	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,4:4:12:161,12,0
Chr02	36634465	.	C	A	46.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:74,6,0
Chr02	36643413	.	A	T	51.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=25.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:79,6,0
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Chr02	37869487	.	C	T	97.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.681;DP=39;Dels=0.00;FS=1.965;HaplotypeScore=0.9999;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.058;QD=2.51;ReadPosRankSum=0.019	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,6:39:99:126,0,1201
Chr02	37874062	.	T	C	37.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:26:66,0,26
Chr02	37876355	.	C	T	98.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=32.76	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:126,9,0
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Chr02	38924738	.	T	A	88.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=35.42;MQ0=0;QD=29.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:116,9,0
Chr02	38946106	.	C	A	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.231;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.231	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,2:5:59:59,0,106
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Chr02	38947454	.	T	C	30.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.922;QD=4.40;ReadPosRankSum=-0.922	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,2:7:59:59,0,180
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Chr02	39762802	.	G	A	76.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HaplotypeScore=0.9996;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.937;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:99:105,0,140
Chr02	39763237	.	G	T	56.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.112;DP=34;Dels=0.00;FS=5.107;HaplotypeScore=0.9989;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.507;QD=1.67;ReadPosRankSum=-3.404	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,5:34:85:85,0,1070
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Chr02	39781688	.	G	A	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:75,0,33
Chr02	39783870	.	T	G	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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Chr02	40685358	.	G	C	94.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.43	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:122,9,0
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Chr02	41561412	.	C	T	47.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
Chr02	41561415	.	A	C	52.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:80,6,0
Chr02	41564617	.	A	G	53.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
Chr02	41576463	.	G	T	39.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:68,0,32
Chr02	41588674	.	T	C	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=6;Dels=0.00;FS=3.979;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=46.33;MQ0=0;MQRankSum=-1.537;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.537	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:3,3:6:75:75,0,104
Chr02	41590161	.	A	T	67.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.270;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=2.12;ReadPosRankSum=-3.529	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,5:32:96:96,0,1010
Chr02	41590257	.	T	A	184.84	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9867;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=45.58;MQ0=0;MQRankSum=2.054;QD=20.54;ReadPosRankSum=-2.054	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:3,6:9:18:213,18,0
Chr02	41637628	.	T	C	115.78	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=23.16;ReadPosRankSum=0.731	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:5:27:144,0,27
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Chr02	42353401	.	C	A	65.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.937;QD=9.40;ReadPosRankSum=-1.754	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,3:7:94:94,0,143
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Chr02	42375946	.	G	A	112.90	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=19.23;MQ0=1;QD=14.11	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,7:8:15:141,15,0
Chr02	42381669	.	T	G	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.000;QD=6.29;ReadPosRankSum=-0.720	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,2:6:66:66,0,148
Chr02	42383501	.	C	T	37.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:29:66,0,29
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Chr02	42744716	.	C	T	53.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=26.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:81,6,0
Chr02	42745853	.	A	T	84.28	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=28.09	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,3:3:9:112,9,0
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Chr02	42867272	.	G	A	48.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.19;MQ0=0;QD=24.37	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:76,6,0
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Chr02	43869695	.	A	C	47.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=23.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:75,6,0
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Chr02	43884178	.	C	A	87.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.863;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.9734;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.500;QD=2.31;ReadPosRankSum=-3.863	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,6:38:99:116,0,1199
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Chr02	44307817	.	T	C	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.026;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.000	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,2:4:71:71,0,72
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Chr02	44546655	.	G	A	41.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=13.92;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:70,0,32
Chr02	44612259	.	C	T	42.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:71,0,32
Chr02	44620838	.	T	G	45.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.736;QD=15.26;ReadPosRankSum=-0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:32:74,0,32
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Chr02	44882073	.	A	T	45.74	.	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=2;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQ0=0;QD=22.87	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,2:2:6:73,6,0
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Chr02	45362743	.	G	T	82.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.071;QD=5.91;ReadPosRankSum=-2.899	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,4:14:99:111,0,352
Chr02	45386303	.	A	G	46.77	.	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=3;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.736;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.736	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,2:3:33:75,0,33
Chr02	45392433	.	C	T	28.77	LowQual	AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HaplotypeScore=0.0000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=3.20;ReadPosRankSum=1.666	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,2:9:57:57,0,265
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